Το ΚΕΕΛΠΝΟ φέρεται, από την έρευνα της δικαιοσύνης, να δαπάνησε, την περίοδο 2011-13, περισσότερα από 2 εκατομμύρια ευρώ για διαφημιστικές προβολές θεμάτων που δεν ήταν καν της αρμοδιότητας του, με παράνομες διαδικασίες ανάθεσης.
Ως εκ τουτου ασκήθηκε ποινική δίωξη για απιστία στην υπηρεσία, με τις επιβαρυντικές περιστάσεις του νόμου περί καταχραστών του Δημοσίου, ασκήθηκε από τους Εισαγγελείς Διαφθοράς σε βάρος των μελών της Διοίκησης και του διευθυντή του ΚΕΕΛΠΝΟ, της περιόδου 2011-2013. Μεταξύ των κατηγορουμένων, σύμφωνα με πληροφορίες, είναι και η πρώην πρόεδρος του Δ.Σ. του ΚΕΕΛΠΝΟ κ. Τζένη Κουρέα – Κρεμαστινού, σύζυγος του βουλευτή της Δημοκρατικής Συμπαράταξης και πρώην υπουργού Υγείας Δημ. Κρεμαστινού.
Μια από τις σχετικές καμπάνιες (2011), για την πρόληψη του καρκίνου, ο οποίος όμως δεν ανήκει στις αρμοδιότητες του ΚΕΕΛΠΝΟ, ανέλαβαν οι εταιρείες AGENDA ΔΙΑΦΗΜΙΣΤΙΚΗ και MINDWORK BUSINESS SOLUTIONS, ιδιοκτήτρια της οποίας φέρεται να είναι η σύζυγος του Γιάννη Στουρνάρα, κ. Σταυρούλα Νικολοπούλου.
Σύμφωνα με το ΑΠΕ, η δικογραφία για την υπόθεση του ΚΕΕΛΠΝΟ ανατέθηκε για τη διενέργεια κύριας ανάκρισης σε Ανακριτή Διαφθοράς ενώπιον του οποίου θα κληθούν σε απολογία οι εμπλεκόμενοι κρατικοί αξιωματούχοι.